O primeiro curso de mestrado relacionado na área de Fonoaudiologia, dentro da PUC-SP, foi o mestrado em Audiologia criado no ano de 1972. Em 1979, foi criado um outro curso de mestrado, o Programa de Estudos Pós- Graduados em Distúrbios da Comunicação.

Em 1984, os dois cursos - Audiologia e Distúrbios da Comunicação - fundiram-se em um único programa de Mestrado.
Em 1997, a partir de uma reforma curricular, foi criado o Programa de Estudos Pós-Graduados (PEPG) em Fonoaudiologia: área de Concentração - Clínica Fonoaudiológica.
Em julho de 2008, foi aprovado o Curso de Doutorado pela Capes, cuja primeira turma será iniciada em fevereiro de 2009.