Programa conta com bolsas CAPES e CNPq e também possibilita a concessão de bolsas FAPESP e FORD.
Além disso, existem as bolsas concedidas pela Secretaria Estadual da Educação (SEE) aos professores da rede.

A PUC/SP concede 25% de desconto nas mensalidades dos estudantes com bolsas Mestrado e Doutorado da SEE, assim como àqueles que tenham bolsas FAPESP.