O NEJ oferece disciplinas de mestrado e doutorado e orientação de pesquisas de acordo com as linhas de pesquisa dos professores.

A seleção é realizada semestralmente condicionada à disponibilidade de vagas. Consta de análise de currículo, perguntas teóricas, entrevista e exame línguas. Para a seleção do doutorado é necessário além da dissertação do mestrado um projeto inicial.

As aulas ministradas na abordagem teórica da Psicologia Analítica são oferecidas pelos professores do NEJ e conferencistas convidados e ocorrem, a maioria, às sextas feiras.

Mestrado

O curso consta de duas disciplinas gerais obrigatórias, Epistemologia e Psicologia, e Metodologia de Pesquisa, 21 créditos em matérias do Núcleo e 8 créditos de orientação para elaboração de dissertação.

Doutorado

O curso consta de uma disciplina obrigatória, Seminário Avançado de Pesquisa, 15 créditos em matérias do NEJ e 14 créditos de orientação de tese.